Existe um bom pacote do Ubuntu wakeonlan (tenho certeza de que ele estará disponível para outras distribuições). Eu não imagino que seja muito complicado criar uma interface web para isso. link
Além disso, a maioria dos roteadores Draytek tem essa funcionalidade integrada. Eles mantêm um banco de dados de pares IP / MAC e permitem que você envie pacotes WoL com uma GUI da Web.