Na sua configuração do apache, negue a entrada para o diretório, algo assim:
<Directory "yourdirectoryabsolutepath" >
Options Includes
AllowOverride All
Order allow,deny
Deny from All
</Directory>
Se você quiser solicitar uma senha de login para acessar a pasta da Web, precisará criar um .htaccess na pasta que deseja proteger e um arquivo de senha para o usuário que poderá efetuar login, mas tem que mudar de sua configuração do Apache para Permitir de Todos e algo em suas .htacces como este
AuthName "Password Protected Directory"
AuthType Basic
AuthUserFile /pathtoyourpasswdfile/.htpasswd
require valid-user
e use um site como este para criar sua senha criptografada, mesmo formato que seu apache usa
E é isso, agora que quando você precisar entrar na pasta, um promp será exibido e perguntará pelo usuário e pela senha. Pode ser necessário reiniciar o apache