Não há como executar múltiplas instalações do MySQL usando o yum em uma única instância. Mas, é muito fácil instalar e desinstalar versões atuais e futuras via yum ou rpm.
Parece que você está fazendo isso de um jeito muito errado. Primeiro faça isso em uma máquina de teste. Documente as etapas e o tempo tomados em detalhes. Faça isso várias vezes se você precisar melhorar seus passos a cada vez.
[1] Backup your MySQL data using mysqldump
[2] Upgrade your MySQL to 5.6
[3] Restore the data
[4] Verify data integrity and ensure all your applications work
Em seguida, faça isso no servidor de produção com as mesmas etapas que você fez na avaliação final de teste.
O rollback é tão simples quanto instalar a versão atual do MySQL de volta e restaurar seu dump.
Desta forma, você verificou os trabalhos de atualização, você verificou seus aplicativos funcionam .. cPanel e quais não.