Como seu DNS é quase certamente integrado ao AD para que você receba esse erro, ele (DNS) aguardará até que o AD DS conclua uma sincronização. Se você fosse descomissionar o outro servidor, desde que isso fosse feito corretamente, este controlador de domínio consideraria estar sincronizado, já que não tinha parceiros.
A correção do registro que você mencionou faria com que você passasse por essa verificação, mas outra opção (supondo que seu outro DC tenha ido embora) é transferir todas as funções FSMO para esse controlador de domínio. Eu tive que fazer isso em um laboratório virtual antes, ao restaurar apenas um único DC secundário. Ao capturar todas as funções do FSMO, consegui colocar o DNS em funcionamento.