Você poderia fazer algo assim, mas não há benefícios.
O que você não pode fazer é "dizer ao slave para sincronizar 'x'" Não é assim que a replicação funciona. A replicação apenas reproduz os eventos do mestre a partir da posição que você diz para ele. Portanto, é necessário garantir que você tire um instantâneo dos dados do mestre em um ponto consistente no tempo e copie esses dados para o escravo antes de iniciar a replicação.
Não há vantagem real em fazer um banco de dados de cada vez do mestre para o escravo. Na verdade, é muito mais difícil.
A maneira mais fácil de configurar um escravo é fazer um backup completo do seu mestre, fazendo uso para registrar a posição do log binário, depois restaurar esse backup para o escravo e iniciar a replicação a partir da posição do log bog registrado.
Mas vamos voltar atrás e dar uma olhada no que você realmente está tentando fazer:
Você deseja migrar para um novo servidor e permitir que o escravo seja "master" para um banco de dados por vez.
Isso é simples.
Então aqui está sua replicação: Master -> Slave
Você configura o escravo para ser uma cópia completa do mestre e replica as alterações para que elas permaneçam em sincronia.
O que significa para o escravo ser mestre agora? Significa apenas dizer ao seu aplicativo para usar o escravo para fazer toda a leitura e escrita. É isso aí. Depois de configurar a replicação, não há outras alterações no mysql para fazer.
A promoção de um escravo para um mestre é uma alteração de configuração de aplicativo apenas (no seu caso, onde você tem um servidor master do mysql com um escravo replicando a partir dele).
Então, se você puder alterar a configuração de seu aplicativo para usar um banco de dados mysql diferente para cada banco de dados que está tentando usar, então você pode migrar em banco de dados de cada vez.
Simples.