Uma solução que tivemos na pressa foi fazer:
vgcfgbackup -f backup.vg
Em seguida, edite o arquivo, substituindo
flags = ["MISSING"]
com
flags = []
No PV que foi o problema e usado
vgcfgrestore -f backup_edited.vg
para carregar a configuração modificada. Depois disso, vgchange -a y name_of_the_vg
funcionou como esperado.