Innodb verifica a soma de cada página de dados e, por padrão, verifica essa soma de verificação toda vez que a página é lida do disco: link
Não tenho certeza de que o myisam possui checksum interno, mas há vários utilitários externos que podem verificar a integridade de tabelas / dados do myisam (myisamchk, etc).
Entre os dois, acho que o Innodb é uma escolha muito melhor para a integridade de dados, se é isso que você está procurando.
Espero que ajude.