Minha experiência tem sido que muitas organizações criam regras de acesso para as portas baixas de aplicativos específicos (como 389, 88, etc) e uma regra de firewall de "portas altas". Para o Windows Server 2003, as portas altas eram 1024 - 65535. Obviamente, esse não era um número muito bom, portanto, para o Windows Server 2008, isso foi reduzido no escopo para 49152 - 65535.
Uma solução mais segura é usar a abordagem do túnel IPSec. Muitas agências do governo dos EUA usam o IPSec ao se comunicar entre domínios confiáveis ou uma raiz da floresta.
Os vários prós e contras são descritos em detalhes no artigo a seguir. Limitar o RPC precisa ser implementado em todos os controladores de domínio, portanto, não é algo que você pode simplesmente ativar em um e ver como ele funciona. Implementar isso em uma grande organização com muitos DCs e sites pode exigir muito planejamento.
Replicação do Active Directory sobre firewall
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