Fazer algumas pesquisas me leva a várias reclamações sobre esse problema desde o início do Office 2000. Sempre achei esse "recurso" com bugs e aconselhei enfaticamente os Clientes a não usá-lo (ou Invariavelmente, os processos críticos de negócios acabam sendo "amarrados" a esse "recurso" com bugs e o trabalho é interrompido quando o Excel falha. Parece que você já está "preso".
Tive alguma sorte em conseguir que as pastas de trabalho compartilhadas se comportassem melhor "desfazendo o compartilhamento" delas, salvando-as e "compartilhando-as novamente". Muitas vezes, uma redução radical no tamanho do arquivo e um aumento na velocidade ao trabalhar com os resultados do arquivo. Eu não tenho tido a infelicidade de ver o comportamento exato que você está vendo, mas eu daria ao menos uma tentativa de "desfazer" e "compartilhar novamente".
Eu não acho que há uma "varinha mágica" que você possa "acenar" com esse problema, além de substituir a função que o Excel está fornecendo com algo estável.