Sua situação sugere para mim que o script PHP está esperando algo para ser concluído (como uma consulta SQL ou chamada de API). Você deve poder ativar o módulo Extended Status do apache para ter uma ideia muito melhor do que o apache está fazendo.
Para fazer isso, no seu httpd.conf você precisará ativar o mod_status e ter 'ExtendedStatus On' (veja: link )
por exemplo,
LoadModule status_module modules/mod_status.so
ExtendedStatus On
<Location /server-status>
SetHandler server-status
Order deny,allow
Deny from all
Allow from xxx.xxx.xxx.xxx
</Location>
Substitua xxx.xxx.xxx.xxx pelo (s) IP (s) que você deseja acessar a página de status e, em seguida, pressione link para ver a saída. A maioria das configurações provavelmente já estão em seus arquivos .conf ou foram comentadas.
Quando você tiver acesso a ele, verá algo semelhante a:
K___K_W_........................................................
................................................................
................................................................
................................................................
Scoreboard Key:
"_" Waiting for Connection, "S" Starting up, "R" Reading Request,
"W" Sending Reply, "K" KeepAlive (read), "D" DNS Lookup, "L" Logging,
"G" Gracefully finishing, "." Open slot with no current process
Isso lhe dá muito mais ideia do que está acontecendo nos bastidores do Apache. Se a minha primeira suposição estiver correta (ou seja, seu script PHP estiver aguardando alguma coisa), você verá muitas tarefas no modo 'W'.
Tente - se você ainda precisar de ajuda, deixe-me saber como é a saída acima.