Isso deve responder à sua pergunta:
Diretório ativo com SIDs de máquinas duplicadas
SIDs duplicados não importam (para controladores que não são de domínio.)
edit: Para esclarecer - cada máquina receberá um novo RID quando ele estiver associado ao domínio, independentemente de seu SID local. Um RID nunca será reutilizado, independentemente de o servidor membro ser um clone.