Cada arquivo e diretório usa um inode, mas não acho que você esteja correndo o risco de esgotar inodes em um sistema de arquivos de tamanho decente - com 5 níveis de profundidade, sua árvore de diretórios estará ocupando 16^5
ou 1048576 inodes, o que é um número razoável, mas provavelmente não sobrecarregará o seu sistema de arquivos. Por outro lado, o número de arquivos armazenados pode causar alguns problemas ...
É um pouco cansativo usar somente um dígito hexadecimal por nível, no entanto - eu costumo ir para três dígitos por nível (então ab3/4f5/5e1/...
) já que isso coloca 4096 diretórios em cada nível, o que está bem dentro do reino de desempenho sensato de um sistema de arquivos decente (não vá para 4, já que o extN só permite 32000 subdiretórios em um único diretório).
Então, é claro, há todo o mundo dos sistemas de arquivos sem limites de inode fixos, e melhor desempenho em face do grande número de arquivos por diretório, e nenhum limite no número de subdiretórios ...