Você pode usar o rsync nas janelas com o Cygwin, mas sugiro que você use a ferramenta Robocopy para isso.
Para usar o robocopy:
Robocopy C:\YourFolder \RemoteComputerName\Share
Verifique também as opções aqui .
Eu tenho dois servidores Windows e quero fazer backup de determinada pasta de um servidor para outro servidor automaticamente sempre que essa pasta é atualizada. Ou pelo menos como uma tarefa por hora / diária. No Unix existe um recurso chamado rsync. Eu não sou capaz de saber como é feito no Windows. Ambos os servidores estão na Intranet, mas em locais diferentes, então a taxa de transferência é um pouco lenta.
Eu recomendo usar o Backup do Windows. Ele permite backups incrementais ou incrementais para um local de arquivo, o que deve fornecer o que você precisa.
O que você está fazendo backup? Apenas arquivos estáticos ou um banco de dados?
Em vez de tentar copiar os arquivos e configurar trabalhos, provavelmente configurei o DFSR. A replicação do Sistema de Arquivos Distribuídos permite o agendamento de replicação e a otimização da largura de banda. A Replicação DFS usa um protocolo de compactação chamado RDC (Compactação Diferencial Remota), que pode ser usado para atualizar arquivos eficientemente em uma rede de largura de banda limitada. Além disso, a replicação de arquivos cruzados pode ser usada para reduzir ainda mais a quantidade de dados transmitidos (muito útil para arquivos de tipo de diário)