Você pode limitar a largura de banda de FTP e o número de conexões no IIS, mas isso não resolverá o problema. O IIS6 e o IIS7 têm diferentes maneiras de fazer isso, mas se você procurar por "otimização de largura de banda" ou "aceleração de taxa de bits", encontrará muitas informações.
Se você não estiver usando o IIS, a solução dependerá do servidor da web. Para uma aceleração mais fina, você precisará de uma caixa externa entre o servidor e a Internet. Muitos firewalls fazem isso razoavelmente bem ... quanto mais você paga, melhor eles ficam.
Se você tiver largura de banda X, precisará tomar uma decisão sobre como limitar sua largura de banda de download para deixar o suficiente para os usuários http, mas não para cortar as conexões ftp. Se você tiver, digamos, 100Mb de largura de banda e 1000 pessoas de arquivos FTP ao mesmo tempo, limitar os downloads a 50mb / seg e permitir downloads ilimitados significará que as pessoas estão baixando em aprox (50 * 1000 * 1000) / 1000 = 50kbs. (Cerca de 5-6 KB / seg). Você precisa fazer a matemática para descobrir como você pode limitar as coisas.