Sim, funcionará da maneira que você descreve. Você realmente só precisa fazer o backup de sua pasta de repositórios. Reinstalar o VisualSVN é fácil, mesmo em outro servidor, e você pode simplesmente copiar a pasta de repositórios no topo depois de fazer isso.
Pode ser mais simples usar o NTBACKUP para isso no Win2003, com incrementos ou diferenciais noturnos. Ou use qualquer outro software de backup que você já usa na sua empresa ou o serviço de backup na nuvem de sua escolha. Não há nada especial sobre os repositórios SVN, são apenas arquivos.
Há uma ressalva em que, se você fizer backup de um repositório SVN que está sendo confirmado para durante o backup , poderá, em raras circunstâncias, obter um repositório corrompido. O repositório pode ser facilmente reparado com o comando svnadmin recover
.
Usar o NTBACKUP ou alguma outra ferramenta de backup que esteja ciente do Volume ShadowCopy irá "capturar instantaneamente" a unidade inteira, garantindo um backup limpo