- tente usar IP, em vez de hostname ao se conectar ao seu MySQL (use dig para diagnosticar problemas de DNS),
- use o Script de ajuste do MySQL de alto desempenho , que lhe dará a ideia sobre alguns problemas no servidor MySQL,
- use strace ou tcpdump para depurar seus problemas ( aqui estão alguns exemplos ),
- atualize seu php & mysql e verifique se o problema persistir,