RemoteApp é a mesma coisa que serviços de terminal, renomeados. Ele definitivamente contornaria seu problema de não ser capaz de usar uma solução VPN para permitir que os usuários executem seus aplicativos de trabalho em seus próprios computadores. No entanto, você ainda desejaria considerar o uso de uma VPN para fornecer acesso ao servidor de terminal, por questões de segurança. A Citrix também é uma boa solução para isso, se você for realmente grande, pois tem melhor funcionalidade de balanceamento de carga e maior flexibilidade na configuração em geral.
Você provavelmente descobrirá que o Windows Server 2008 com RDS (basicamente uma licença de serviços de terminal) é muito mais barato do que criar desktops virtuais para eles fazerem login e consomem menos recursos. Além disso, se você usar TS (RDS), não será necessário instanciar VMs adicionais sempre que quiser adicionar usuários adicionais; em muitos casos, você pode simplesmente adicionar licenças.