Você pode usar o mod_setenvif para definir uma variável de ambiente relacionada ao seu pixel de rastreamento e, em seguida, filtrar os logs usando isso. algo como
SetEnvIf Request_URI "tracking\.png$" tracking
.
.
.
CustomLog logs/access_log common env=!tracking
CustomLog logs/tracking_access_log common env=tracking
Se o pixel de rastreamento for solicitado, a variável de ambiente será definida e o evento será registrado em um arquivo diferente.