Você pode fazer isso usando as Preferências da Política de Grupo. Isto é, se você tiver um DC 2008 R2 e seu ambiente tiver sido preparado para isso. As preferências do GP permitem que você insira configurações (no seu caso, configurações de zona do IE do usuário) e ainda permite que os usuários as modifiquem. Observe também que você precisaria das Extensões do cliente instaladas em qualquer -Windows 7 máquinas para isso funcionar.
Depois de preparar seu ambiente, a partir do DC 2008 R2, entre no GPMC e crie um novo GPO. Edite o GPO e você verá novas seções nas configurações do Computador e do Usuário chamadas "Preferências". Expanda as preferências do usuário para ver "Configurações da Internet". Clique com o botão direito em "Configurações da Internet" e crie um novo item de preferência. Modifique este item como se fosse uma janela GUI de configurações do IE local. Se você quiser que essas configurações sejam aplicadas apenas uma vez e permitir que o usuário adicione / remova / etc: Ao modificar o item de preferência, vá para a guia "comum" e marque a caixa "aplicar uma vez ...".