A linha atual de pensamento (a partir de julho de 2011) é que o melhor desempenho no EC2 é por REALIZANDO os discos efêmeros (quanto maior o seu exemplo, mais existem). É melhor que você tenha backups caso opte por fazer isso, pois qualquer tipo de falha no host significa que seus dados podem e irão desaparecer.
Como Tom sugere, você pode volumes de RAID EBS: o desempenho não é tão bom quanto você tem que sair para a rede, mas você diminuirá sua busca à medida que aumenta o número de eixos que podem procurar em paralelo. Aqui estão alguns bons benchmarks .
Há outras coisas a serem consideradas, como tamanhos de instância que provavelmente você é a menor contenção e os tamanhos do volume do EBS que maximizam seu desempenho . Certifique-se de "aquecer" seus volumes antes de usá-los também, pois há uma penalidade na primeira gravação em discos efêmeros e uma penalidade de leitura inicial no EBS.
Finalmente, você não tem muito mais do que um especialista em SQL Server do que Brent Ozar, então leia e entenda seu post sobre o tema . Isso levou a uma conversa no fórum da AWS que fala sobre as métricas de desempenho relativas para as quais você pode otimizar.