Sim, a desativação do SSL 2.0 garantirá que o IIS use apenas SSL 3.0 ou TLS 1.0. Você também pode desabilitar alogitmos de criptografia individuais para garantir que o SSL3 / TLS use apenas os "melhores" algoritmos disponíveis, embora isso não seja realmente um problema prático se você selecionar "exigir criptografia de 128 bits" da GUI na configuração SSL do IIS. Todos os algoritmos de > 128 bits em SSL3 e TLS são "strongs", não têm intervalos práticos e, a menos que você tenha requisitos regulamentares muito específicos, pode ser usado com segurança.
Consulte o link para obter detalhes.