Depende de como graciosamente você deseja aplicar o corte. Para DROP / DENY na camada TCP você pode fazer isso com o iptables com algo como:
iptables -I INPUT -p tcp --dport 80 -m state --state NEW -m recent --set
iptables -I INPUT -p tcp --dport 80 -m state --state NEW -m recent --update --seconds 60 --hitcount 5 -j DROP
Você pode segmentar itens para clientes específicos, com alternativas extras para a segunda regra, por exemplo,
iptables -I INPUT -s 1.2.3.4 -p tcp --dport 80 -m state --state NEW -m recent --update --seconds 60 --hitcount 50 -j DROP
iptables -I INPUT -s 4.3.2.1 -p tcp --dport 80 -m state --state NEW -m recent --update --seconds 60 --hitcount 10 -j DROP