Na informação que você postou seu problema é que você está ficando sem memória e assim seu servidor começa a trocar muito. Trocar é extremamente lento, então todos os seus aplicativos acabam desacelerando. Você pode ver isso onde diz 6124k free na linha de memória e 531316k used na linha de troca. Ter um número baixo livre de mem é bastante comum, então você também tem que olhar para 13284k cached number, que é quanto de sua memória é usada para cachear, o que também é muito baixo, significando que a maioria do seu ram está em uso por programas . O que esses programas são difíceis de dizer, já que sua captura de tela não mostra essa informação (postar ps aux output seria muito melhor aqui). No entanto, na parte superior, você pode pressionar SHIFT + M para classificar por uso de memória.