Não com FTP, não. FTP é para transferir arquivos. Se você pudesse iniciar processos remotos, ele não seria chamado de Protocolo de Transferência de Arquivos.
Com uma conexão de rede, você pode fazer qualquer coisa. É para isso que o SSH é (ele lança um shell remoto onde você pode executar comandos). Você também pode programar qualquer tipo de ouvinte específico que você quiser usando suas próprias portas (aviso, problemas de segurança à frente!).
Você terá que ser mais específico com o que está tentando realizar se quiser uma resposta mais específica.