Isso faz parte do ruído da Internet que todos os computadores conectados à Internet experimentam, mas infelizmente não vivemos em um mundo perfeito. Tentar evitar isso é como jogar um jogo de gato e rato. Você pode usar o limitador de taxa Iptables para limitar o número de solicitações de entrada de um IP, mas isso é sobre ele.
Em vez disso, certifique-se de que seu aplicativo e sistema operacional estejam seguros. Acompanhe os patches de segurança sempre que possível e siga as diretrizes de codificação seguras. Também configure os serviços corretamente, uma das maiores falhas de segurança são os serviços mal configurados.