Você pode realmente ir com qualquer um. Se você gosta das ferramentas de gerenciamento de DNS do registrador, pode continuar a usá-las. Se você acha que as ofertas da empresa de hospedagem são melhores ou que seu serviço de DNS é mais confiável, pode alternar para elas.
Uma coisa a considerar é que, se você mudar de empresa de hospedagem, ter seu DNS gerenciado pelo registrador pode facilitar as coisas. Se você está feliz com a sua hospedagem, então este não é um problema tão grande.
Compare coisas como ferramentas on-line, confiabilidade e tempo de atividade, APIs para criação de scripts e atualizações automatizadas, coisas desse tipo. Se você decidir executar o seu próprio servidor de nomes, talvez queira ver se uma das empresas também oferece serviço de DNS escravo.
Não há realmente uma resposta "certa", então você só quer comparar as opções que são importantes para você.