Os volumes do EBS são persistentes quando a instância falha:
"Os volumes do Amazon EBS são armazenamento fora da instância que persiste independentemente da duração de uma instância." veja Informações do EBS
"Armazenamento de instâncias locais" é provavelmente o que você está pensando - e isso é perdido quando a instância do ec2 é encerrada. Eu uso o armazenamento de instâncias locais para manipular dados que podem ser recriados de outro lugar. Pode ser muito útil como um cache rápido de dados - mas você deve ser capaz de reconstruí-lo.
Q1: Use o serviço RDS da Amazon para fazer backup de seu banco de dados regular e automaticamente ou execute o mysqldump em uma tarefa cron, comprima + criptografe seu arquivo de backup e, talvez, envie-o para o S3.
Q2: Você pode tirar um instantâneo de um volume do EBS, criar um novo volume a partir do instantâneo e especificar o espaço de armazenamento (expandindo-o efetivamente).
Q3: os instantâneos permitem reverter para um ponto no tempo - portanto, antes de interromper potencialmente as atualizações, você pode tirar uma foto instantânea para garantir que tenha um plano de reversão. Você pode tirar fotos com a mesma freqüência que suas demandas de dados / serviços.