Se você quiser aplicar cota a ambos de entrada e saída, faça assim:
-A OUTPUT -p tcp --sport $PORTNUM_1 -g filter_quota_1
-A OUTPUT -p tcp --sport $PORTNUM_2 -g filter_quota_2
<other OUTPUT rules for other users>
-A INPUT -p tcp --dport $PORTNUM_1 -g filter_quota_1
-A INPUT -p tcp --dport $PORTNUM_2 -g filter_quota_2
<other INPUT rules>
-A filter_quota_1 -m quota --quota $QUOTA_1 -g chain_where_quota_not_reached
-A filter_quota_1 -g chain_where_quota_is_reached
-A filter_quota_2 -m quota --quota $QUOTA_2 -g chain_where_quota_not_reached
-A filter_quota_2 -g chain_where_quota_is_reached
<other filter_quota_N chains>
Quando você deseja redefinir a cota #N, você deve iptables -F filter_quota_N
e, em seguida, preencher novamente filter_quota_N
.
Como as regras são muito semelhantes, você deve considerar a automação com o bash (ou outra linguagem de script de sua escolha)