Normalmente, quando você faz um carregamento de mysql de um dump, você desabilita as checagens de chaves estrangeiras, então reativa-as, na verdade, pode fazer isso por padrão. Você simplesmente precisa fazer a mesma coisa no escravo pela duração da replicação.
Este é um guia de importação e exportação: link
Desabilitando chaves estrangeiras:
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