(estritamente falando, não é uma resposta para a pergunta, mas uma sugestão de como instalar o eclipse manualmente)
Você não deve alterar arquivos em diretórios mantidos pelo gerenciador de pacotes. O gerenciador de pacotes mantém registros sobre os arquivos instalados. Se os arquivos não estiverem mais lá ou forem alterados, o gerenciador de pacotes poderá se recusar a continuar trabalhando. Outro problema pode ser quando o gerenciador de pacotes tenta atualizar o pacote do eclipse, ele pode sobrescrever seus arquivos.
Eu sugiro que você instale seu próprio eclipse para /opt , ou ~/opt , ou qualquer outro diretório não mantido pelo gerenciador de pacotes. Você pode então colocar um symlink em ~/bin apontando para your-eclipse-dir/eclipse .
Exemplo:
$ mkdir -p ~/opt
$ cd ~/opt
# download or copy the eclipse tarball here
$ tar xzf eclipse-something.tar.gz
$ cd eclipse
$ ./eclipse # verify that eclipse works
$ cd ~/bin
$ ln -s ~/opt/eclipse/eclipse
Agora você pode começar o eclipse digitando eclipse . O link simbólico em ~/bin deve sombrear o executável do eclipse /usr/bin/eclipse . Caso contrário, certifique-se de que ~/bin esteja em $PATH e localizado antes de /usr/bin .
Você pode verificar qual eclipse está sendo executado usando which :
$ which eclipse
/home/lesmana/bin/eclipse