A Microsoft não facilita. Na verdade, a única maneira que eu encontrei para fazer isso requer a instalação de um plugin de terceiros. Nesse ponto, o benefício de desempenho de remover etags é questionável.
Como eu respondi aqui (pergunta diferente, mesma resposta):
Open your IIS manager, click on the server, and go to HTTP Response Headers. Click the "Add..." button, and under name, enter:
ETag
(case sensitive). Under Value, enter
""
(thats two double quotes)
And ETags begone!
Tags performance iis etags