Em um chroot para o MySQL funcionar, você basicamente teria que recriar uma distribuição Linux separada.
Eu coloco meus bancos de dados (MySQL e PostreSQL) em contêineres OpenVZ - é chroot, mas mais. Ele fornece outros recursos que o chroot não fornece: controle de recursos, isolamento de rede e muito mais. A principal vantagem é que ele faz tudo para mim - eu apenas seleciono um modelo para o container, execute vzctl create 101 --ostemplate ubuntu-10.10-x86_64
e eu tenho um container (um chroot de trabalho ++) pronto.
Para colocar o contêiner em produção, preciso configurar um endereço IP local ou público e aumentar os limites de recursos padrão.
Para obter o OpenVZ, é necessário instalar e reinicializar em um kernel remendado do OpenVZ que está disponível em vários dos principais distores do Linux, mas infelizmente OpenVZ foi descontinuado como um pacote oficial do Ubuntu . É suportado no Debian e estará no Debian 6.0.