Eu tive o mesmo problema e executar journalctl -f
para acessar os logs do sistema explicou tudo: org.gnome.Software
estava executando em loop por causa de um "arquivo de cache de pacote corrompido", me convidando para executar apt-get update
para resolver o problema
Os logs (em francês, desculpe):
org.gnome.Software[2565]: E: Le fichier de cache des paquets est corrompu
org.gnome.Software[2565]: (gnome-software:3153): Gs-WARNING **: failed to call gs_plugin_refine_app on apt: apt DB load failed: error while initialising
org.gnome.Software[2565]: E: Impossible de traiter le fichier /var/lib/apt/lists/ppa.launchpad.net_webupd8team_atom_ubuntu_dists_xenial_main_binary-all_Packages (1)
Acabei de matar o processo e seguir em frente, executar os comandos apt-get não produz nenhum erro e, de qualquer maneira, não estou usando o gnome software center. Eu gostaria de encontrar uma maneira de desativá-lo totalmente embora