A maneira mais fácil seria colocar:
/server/apache/bin/apachectl start
em "/etc/rc.local". A melhor maneira de fazer isso seria criar um script upstart /etc/init/apache.conf, acredito que os valores corretos seriam algo como:
start on runlevel [2345]
stop on runlevel [!2345]
expect daemon
exec /server/apache/bin/apachectl start
pre-stop exec /server/apache/bin/apachectl stop
Em seguida, execute "initctl start apache" para iniciá-lo e "initctl stop apache" para pará-lo. Para obter mais informações sobre arquivos de configuração iniciantes como o acima, consulte "man 5 init".