Você pode revogar o certificado de dentro do snap-in do MMC da autoridade de certificação no servidor que está executando a função de autoridade de certificação.
Selecione a autoridade de certificação (computador) - > então o nome da sua AC - > Certificados emitidos - > encontre e selecione o (s) certificado (s) para o usuário em questão e, no menu Action, selecione Revoke Certificate.
Se você desativou a conta do AD do usuário, o certificado deve ser praticamente inútil em qualquer caso.