O Visio é uma excelente ferramenta para desenhar modelos de Fluxogramas e Relacionamento (assim como Topologias de Rede.) Realmente, a utilidade do Visio é limitada apenas por sua imaginação ... (Uau. Isso foi brega ...)
SmartDraw é uma ferramenta semelhante, mas não é tão refinada. (Na verdade, em minha mente eu não posso resumir de qualquer outra forma que não seja "horrível".) (Tentou ser o Visio; tenho certeza que deu o melhor de mim ...)
O Dia e o OpenOffice Draw podem ser usados para diagramar semelhante. Da mesma forma não é tão refinado, mas é grátis (-como-livre-e-como-na-cerveja!)