Esta questão pode ser dividida em duas partes:
1) Limitando a navegação svn source com o trac como dito pelo arquivo authz
Você precisa dizer ao trac onde está o arquivo authz.
Edite o arquivo trac.ini em d: /repos/trac/tracX/trac.ini:
[trac]
authz_file = D:/repos/svn/authz
authz_module_name = name_of_the_module_as_in_authz_file_for_this_trac
2) Limitando quem pode acessar qual trac.
Não tem nada a ver com o arquivo authz, já que o trac não o está usando para conceder permissões ao sistema trac.
Ao usar a autenticação básica, você tem duas opções:
a) Se você desistir de uma configuração com TracEnvParentDir e alterá-la para duas entradas de localização, poderá alterar a diretiva Require:
<Location /trac/trac1>
[...]
Require user Customer1
</Location>
<Location /trac/trac2>
[...]
Require user Customer2
</Location>
Embora seja pouco prático se você tiver mais trac.
b) Defina permissões adequadas dentro do trac. Todos os usuários poderão fazer o "login" em todo o trac, mas não poderão acessar nada.
Remova todas as permissões do usuário autenticado e conceda permissões a usuários adequados. Algo como:
trac-admin d:/repos/trac/trac1 permission remove authenticated *
trac-admin d:/repos/trac/trac2 permission remove authenticated *
trac-admin d:/repos/trac/trac1 permission add Customer1 TICKET_CREATE TICKET_MODIFY WIKI_CREATE WIKI_MODIFY
trac-admin d:/repos/trac/trac2 permission add Customer2 TICKET_CREATE TICKET_MODIFY WIKI_CREATE WIKI_MODIFY
Manter as permissões authz e trac em sincronia é um outro grande problema :) Seria melhor escrever alguns scripts personalizados que correspondam exatamente ao seu ambiente para adicionar e remover permissões se você for fazer muito isso.