Em geral, você não pode, essa informação não é armazenada em lugar algum.
Os sistemas de compilação de alguns programas são projetados para armazenar uma cópia da invocação do script configure
usada para configurar o ambiente de compilação, mas esse comportamento deve ser gravado no programa. Não é feito automaticamente.
Se você está desesperado, suponho que você poderia sempre tentar compilar o programa com diferentes combinações de sinalizadores e apenas esperar encontrar um que reproduza o programa que você possui. Ou, se você tiver acesso ao código-fonte e souber quais são as diferentes opções e seus efeitos, poderá invocar o programa de maneiras que farão com que ele mostre esses efeitos. (por exemplo, se o seu programa tiver uma opção de compilação "enable-help", você pode tentar executá-lo com a opção -h
para ver se a ajuda foi ativada)