(Adicionando uma resposta para que as informações estejam aqui também)
aptitude mantém algum estado além do sistema apt-get subjacente. Isso resulta em informações definidas em uma que o outro não conhece. Anos atrás, quando eu ainda usava aptitude , encontrei-me fazendo verificações de atualização em ambos porque estava obtendo resultados confusos. Usar aptitude exclusivamente esconderia esse problema, mas assim que você fizer outra coisa, ele se tornará aparente.
Solução: use somente aptitude ou nunca use aptitude .