Sim, para que a agregação de links funcione corretamente (seja LACP ou EtherChannel), você precisa configurá-la no cliente e no comutador. Eu também acredito que o VMware não suporta o LACP 'dinâmico' corretamente, apenas o LACP 'estático' (o que quer que seja). Eu uso EtherChannel em um Cisco 3750 e funciona muito bem.
edite para adicionar : para configurar no lado do VMware, você precisa definir a política de balanceamento de carga como 'Rota baseada em hash de IP' na guia NIC Teaming no vSwitch.