Bem, isso depende em grande parte do seu conjunto de regras atual do iptables. Algo como isso deve funcionar em seu arquivo / etc / sysconfig / iptables:
-A INPUT -m state --state NEW -m tcp -p tcp -s 1.2.3.4 --dport 3306 -j ACCEPT
... onde 1.2.3.4 é o endereço IP do qual você está se conectando.
Se isso não funcionar, poste o conteúdo do / etc / sysconfig / iptables e eu revisarei minha resposta.
A outra opção é apenas conectar-se ao seu servidor mysql através de um túnel ssh. Faça isso, conecte-se ao seu servidor com algo como:
$ ssh user@host -L3306:localhost:3306
Em seguida, aponte seu cliente mysql local para localhost: 3306 e ele será enviado para o servidor. Tenha em mente que você também precisará conceder acesso no mysql para a combinação apropriada de usuário / host.
Devo acrescentar que geralmente não é uma boa idéia expor sua porta mysql à internet, a menos que seja absolutamente necessário. A opção de túnel ssh é uma maneira muito melhor de se conectar remotamente.