Eu tenho usado e trabalhado com muitos provedores de hospedagem e nunca tive que pagar por uma licença separada do MySQL para usar isso. Uma empresa de hospedagem pode ou não ter uma licença comercial para o MySQL, mas não consigo pensar em uma instância em que eu paguei por tal coisa separadamente. Mesmo em um ambiente de host dedicado eu não vi isso para o MySQL. Agora, o SQL Server é outra história e, dependendo do ambiente de hospedagem, você pode estar pagando por essa licença. Mas o SQL Server é um software comercial não-OSS, portanto, está em uma categoria diferente.
Confira Perguntas frequentes sobre as licenças GNU - veja as seções sobre como pagar dinheiro Software GPL.