Não deve haver problemas com bloqueios ou corridas, mas eu ainda não sugeriria isso.
Ter partes da árvore provenientes de hosts diferentes deve funcionar tão bem e ser mais rápido.
Se eu tiver várias fontes, cada uma com a mesma árvore de diretórios, mas diferentes arquivos na árvore, é seguro executar vários comandos rsync em paralelo com o mesmo destino?
Especificamente, haverá alguma condição de corrida para criação de diretório / arquivo?
Não deve haver problemas com bloqueios ou corridas, mas eu ainda não sugeriria isso.
Ter partes da árvore provenientes de hosts diferentes deve funcionar tão bem e ser mais rápido.
A criação de um diretório é atômica para que não cause problemas. Se alguns dos arquivos forem iguais, você provavelmente verá o último rsync que toca o arquivo "vencerá".
Além disso, não vejo nenhum problema e isso deve ser seguro.