Você apenas especifica ErrorLog e CustomLog dentro de cada diretiva VirtualHost . Com isso em mente, você não seria capaz de usar ServerAlias e ter arquivos de log separados para cada host por meio do desempenho normal sem especificar VirtualHost separada.
No entanto, você pode enviar o log por meio de um script e fazer com que o script crie os arquivos separados. Olhe para a documentação do log canalizado.
Você também pode usar um script de pós-processamento, como a utilização de grep para analisar os logs. Um script de pós-processamento pode ser especificado no logrotate noturno nas seções postrotate ou preprotate .