O pacote gnome-shell-extensions-user-theme do PPA da equipe do WebUpd8 como dependências quebradas usa melhor o link para extensões.
Mas primeiro você precisa se livrar dos arquivos antigos.
sudo rm -r /usr/share/gnome-shell/extensions/*
rm -r ~/.local/share/gnome-shell/extensions/*
Isso limpará todas as extensões do shell do gnome.
Em seguida, reinicie o gnome-shell e você estará pronto para usar.