O Skipfish e o Nessus têm objetivos diferentes (embora compartilhem algumas verificações).
O - skipfish é um verificador de vulnerabilidades da web: sua missão é encontrar vulnerabilidades de aplicativos da web. Nas linhas de w3af e webscarab (mas diferentes).
- O Nessus é um scanner de porta de vulnerabilidade: sua missão é encontrar vulnerabilidades em portas abertas em um sistema. Além disso, o Nessus também pode realizar auditorias de conformidade.
Dito isso, o Nessus também faz algumas verificações básicas de vulnerabilidades na Web que melhoram quando usadas junto com o nikto.
Eu não sei como você poderia compará-los, sabendo que eles produziriam diferentes tipos de informação.