Bem, saiba como proteger seus servidores (se o servidor foi invadido) ou escrever código de aplicativo seguro (se isso foi injetado por meio do aplicativo, como "injeção de SQL" - talvez você queira pesquisar no Google).
Se estiver usando softweare de terceiros, atualize as versões - talvez alguma peça popular que você usa esteja desatualizada com falhas de segurança conhecidas.
Não há resposta geral. Alguns bots escolheram uma das centenas de possíveis falhas / falhas de segurança e instalaram-se no seu site.
Espero que ninguém te processe;) Especialmente se você não mantiver seus aplicativos.