Os problemas de disco geralmente levam a tempos de espera insanos e problemas de desempenho, mesmo que eles não relatem um problema (isto é, a verificação de erros consegue passar pelas falhas, mas demora tanto que desacelera o sistema enquanto repete as operações antes de dar acima) ... mas como pauska mencionou, talvez haja até mesmo uma matriz degradada lá? (embora não deva ser muito mais lento para o SO host normalmente).