A razão para os prazos é basicamente como você diz ... no entanto, você também pode programar algo para "hoje" e imediatamente.
Cenário:
-O seu GPO está configurado para instalar atualizações somente na sexta-feira às 3h
-Você definiu um patch para o WSUS como aprovado na terça-feira e é essencial tirá-lo naquela noite, mas você não quer que ele saia imediatamente, então você define o prazo como 11pm naquela noite.
Mas basicamente o que você está dizendo está correto ... a política de prazo do WSUS tem precedência.
Além disso, se o GPO não especificar a reinicialização e o prazo final de uma diretiva tiver uma reinicialização, ele reinicializará o computador na hora do prazo, independentemente de quando o patch foi instalado pelas diretivas de GPO.