A maneira recomendada é configurar um servidor vinculado ao mysql a partir do sql server e, em seguida, usar um assistente de importação / cópia ou algo tão básico como o select para obter os dados.
Aqui está um artigo de technet que descreve o processo usando o sql server 2000, que ainda é relevante para 2005/2008.
Aqui está um artigo do projeto de código que descreve o mesmo processo com menos detalhes para o sql server 2005.